تشتمل مديرية المساجد على الأقسام والمصالح التالية:
قسم التخطيط والبرمجة الذي يتألف من:
- مصلحة التخطيط
- مصلحة البرمجة
- مصلحة التدبير العقاري للمشاريع
- مصلحة تدبير المعلومات
قسم البناء الذي يتألف من:
- مصلحة الدراسات العامة
- مصلحة دراسات مشاريع البناء
- مصلحة البناء
- مصلحة تتبع رخص بناء المساجد
قسم الإصلاح والصيانة الذي يتألف من:
- مصلحة دراسات مشاريع الإصلاحات
- مصلحة الإصلاحات
- مصلحة تدبير الصيانة
- مصلحة تتبع حالة بنايات المساجد
قسم التسيير والتجهيز الذي يتألف من:
- مصلحة التسيير
- مصلحة التجهيز
- مصلحة الإحصاء
قسم الميزانية والتتبع الذي يتألف من:
- مصلحة الميزانية
- مصلحة صفقات الدراسات
- مصلحة صفقات الأشغال والتوريدات
- مصلحة التتبع والمراقبة