ترمي جائزة محمد السادس للكتاتيب القرآنية إلى تحقيق مجموعة من الأهداف يمكن اختصارها فيما يلي:
- دعم دور الكتاتيب القرآنية في تكوين الناشئة المسلمة، وتثبيت القيم الإسلامية لديها، وتربيتها التربية الإسلامية المتسمة بالاستقامة والصلاح والاعتدال والتسامح.
- تحسين مناهج الكتاتيب القرآنية ودعم قدراتها التعليمية والتربوية والاستفادة من مستجدات العصر في الوسائل والمعدات التعليمية مع المحافظة على أصالة الكتاتيب وهويتها.
- تشجيع وتحفيز المشرفين والقائمين على الكتاتيب القرآنية على تطوير أسلوب أدائها مع المحافظة على خصوصياتها باعتبارها من مؤسسات التعليم العتيق.
