شرع المجلس الأعلى لمراقبة مالية الأوقاف العامة، برسم السنة المالية 2012، بمزاولة الأنشطة التي أسندت إليه حسب مدونة الأوقاف من كونه هيئة مستقلة تتولى الرقابة والإرشاد والتوجيه، وتعزيز الرقابة الداخلية بإحداث مراقبين محليين على مستوى كل نظارة للأوقاف، يشرف عليهم مراقب مالي مركزي.
ولبلورة الاقتراحات والتوصيات الرامية إلى تحسين أساليب تدبير الأوقاف العامة والحفاظ عليها وتنمية مداخيلها، تم بموافقة ملكية سامية إيفاد بعض أعضاء المجلس للاستفادة من الدورة التكوينية التي نظمها المعهد الدولي للوقف الإسلامي بماليزيا، كما يسعى المجلس إلى اختيار الدراسات العلمية التي من شأنها أن تسهم في بناء منظومة تدبيرية رشيدة، تستمد مقوماتها من الأصول الشرعية للوقف، وتحترم خصوصيته، وتتبنى في نفس الوقت رؤية حكيمة في آليات تدبيره تقوم على العقلنة والحكامة الجيدة.
