تشتمل مديرية التعليم العتيق ومحو الأمية بالمساجد على الأقسام والمصالح التالية:
قسم التخطيط والإحصاء الذي يتألف من:
- مصلحة التخطيط والإحصاء
- مصلحة تدبير المعلومات
- مصلحة التتبع والتواصل
قسم بناء وتجهيز مؤسسات التعليم العتيق الذي يتألف من :
- مصلحة الدراسات والبرمجة
- مصلحة البناء
- مصلحة التجهيز
- مصلحة التدبير المالي للمشاريع
قسم الشؤون التربوية الذي يتألف من:
- مصلحة البرامج والمناهج والتكوين
- مصلحة التأطير والتوجيه التربوي
- مصلحة التقويم والامتحانات
- مصلحة الدعم البيداغوجي والأنشطة الموازية
قسم تسيير مؤسسات التعليم العتيق الذي يتألف من:
- مصلحة تدبير شؤون التلاميذ والطلبة
- مصلحة تدبير شؤون العاملين بمؤسسات التعليم العتيق
- مصلحة الترخيصات والمراقبة الإدارية
- مصلحة التدبير المالي
قسم محو الأمية بالمساجد الذي يتألف من:
- مصلحة الدراسات وتدبير المعطيات
- مصلحة البرامج والمناهج والتقويم
- مصلحة التكوين والتعاون والاستشارة التربوية
- مصلحة التدبير الإداري والمالي
