تسهر الوزارة على تتبع المنازعات الوقفية بهدف توفير الحماية اللازمة للوقف والحفاظ عليه وتثبيت وضعيته المادية والقانونية وتنميته وضمان استمراره، وتتبع مسطرة تنفيذ الأحكام القضائية النهائية سواء الصادرة لفائدة الأوقاف أو ضدها، إلى جانب بعض الأنشطة الموازية.
